Η εμβρυομεταφορά είναι μια απλή διαδικασία με μέση διάρκεια 15 λεπτά και χωρίς ανάγκη νάρκωσης. Γίνεται με έναν ειδικό εύκαμπτο καθετήρα, ο οποίος συνδέεται με ειδική σύριγγα. Ο καθετήρας προωθείται στη μήτρα αργά και χωρίς να προκαλεί τραυματισμούς.
Μετά την αφαίρεσή του, μεταφέρεται στο εργαστήριο και υπόκειται σε έλεγχο για να διαπιστωθεί εάν έχει κατακρατηθεί κάποιο έμβρυο.
Η ασθενής παραμένει κλινήρης για 15 έως 30 λεπτά, ενώ για τις επόμενες 2 με 3 ημέρες συνιστάται απλή μείωση της δραστηριότητας, καθώς δεν έχει αποδειχθεί ότι η απόλυτη ακινητοποίηση μετά την εμβρυομεταφορά έχει κάποια πλεονεκτήματα.
Μετά από 10 έως 12 ημέρες, γίνεται τέστ κυήσεως προκειμένου να διαπιστωθεί η ύπαρξη εγκυμοσύνης.